Le Lycée Alliance Française Antoine de Saint Exupéry est administré par la « Corporación educacional Alianza francesa de Santiago », une organisation à but non lucratif qui cherche à contribuer au développement éducatif du pays, conformément à l’orientation générale de l’enseignement officiel chilien, par l’étude de la langue et de la culture françaises, grâce aux efforts conjoints de ses membres et en coordination avec les enseignants, les parents, les élèves et le personnel de l’école.
Les organes administratifs de la Corporation sont : le proviseur du Lycée de l’Alliance Française Antoine de Saint-Exupéry, le Conseil d’Administration et l’Assemblée Générale des Membres.