Le premier établissement français de Santiago voit le jour grâce à l'initiative de Madame Courtois Bonnecourte, qui souhaitait faire vivre la langue française à travers des cours. Bien que ce projet n'ait pu pérenniser, l'idée est reprise en 1932 par M. Remy Vuillemin, alors président du Conseil de l'Alliance, qui fonde une petite école française pouvant accueillir 50 élèves dans une maison louée rue Riquelme.
Face au doublement du nombre d'élèves, l'école déménage dans une maison plus vaste rue Lord Cochrane et prend le nom de Louis Pasteur.
Porté par un succès grandissant, l'établissement s'installe ensuite dans un bâtiment plus grand rue Pedro de Valdivia.
Le Conseil de l'Alliance de Paris décide de créer un grand lycée et confie le projet à l'architecte chilien et français Emilio Duhart. Un terrain de 42 000 m² est acquis à Vitacura, marquant le début des travaux.
André Malraux, ministre d'État chargé de la Culture, inaugure l'établissement. Les travaux se poursuivent jusqu'en 1962, date officielle de la création du collège et lycée Alianza Francesa.
Fin septembre, l'établissement reçoit la visite du président de la République française, le général Charles de Gaulle.
L'école Alliance Française devient officiellement le « Lycée Antoine de Saint-Exupéry ».
Une convention est signée entre la Corporation et l'AEFE afin de faire du Lycée Antoine de Saint-Exupéry un établissement résolument bilingue et biculturel.
Pour répondre à une demande croissante, il est décidé de construire un second site à Chamisero, dans la commune de Colina. La première pierre du nouveau bâtiment est posée en mai 2012.
L'école maternelle ouvre ses portes en février 2013. L'inauguration officielle a lieu la même année, en présence de Marc Giacomini, ambassadeur de France au Chili, et d'Anne-Marie Descôtes, directrice de l'AEFE.
En présence de l'ambassadeur de France au Chili, Pascal Teixeira Da Silva, et du directeur général de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger (AEFE), Olivier Brochet, le site de Chamisero est officiellement inauguré le 29 mars, avec une infrastructure entièrement achevée. Ce site de 64 000 m² accueille plus de 1 100 élèves et leurs familles.
En décembre, le site de Chamisero célèbre un événement marquant en disant au revoir à sa toute première promotion de bacheliers.